Οι στρατηγικοί στόχοι του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης 2000-2006 είναι οι εξής:
- η αναβάθμιση του τουρισμού
- η προστασία του περιβάλλοντος
- η ανάπτυξη της υπαίθρου
- η βελτίωση των μεταφορών
- η τόνωση της ζήτησης τεχνολογικών υπηρεσιών από επιχειρήσεις της Κρήτης
και οι οποίοι περιλαμβάνονται σε 7 άξονες προτεραιότητας και συγκεκριμένα:
- Ενίσχυση της Περιφέρειας ως ερευνητικού και τεχνολογικού πόλου στη ΝΑ Μεσόγειο, προώθηση της καινοτομίας κι ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας της οικονομίας
- Προστασία του περιβάλλοντος και μείωση των ενδοπεριφερειακών ανισοτήτων
- Συμμετοχή της Περιφέρειας στα διεθνή μεταφορικά δίκτυα ως κόμβου διαμετακόμισης
- Βελτίωση των οικονομικών λειτουργιών και της ποιότητας ζωής στα μεγάλα αστικά κέντρα
- Ανάπτυξη ορεινών, μειονεκτικών και λοιπών αγροτικών περιοχών
- Προώθηση της απασχόλησης-παροχή ίσων ευκαιριών στη γνώση
- Τεχνική Βοήθεια
