Η Αναπτυξιακή Ηρακλείου για τη λειτουργία της και την επίτευξη των στόχων της έχει οργανώσει πέντε βασικά τμήματα, αλληλένδετα μεταξύ τους και λειτουργεί σύμφωνα με το σύστημα Ποιότητας και Διαχειριστικής Επάρκειας το οποίο καλύπτει τη δραστηριότητα: "Προγραμματισμός, σχεδιασμός και ωρίμανση έργων και υπηρεσιών, διενέργεια διαγωνισμών, παρακολούθηση έργων και πιστοποίηση φυσικού αντικειμένου και οικονομική διαχείριση των έργων και υπηρεσιών" (Πρότυπο ΕΛΟΤ ΕΝ ISO 9001:2000).

Τμήματα:

Η Αναπτυξιακή Ηρακλείου απασχολεί σήμερα 13 άτομα, με κύριες ειδικότητες: οικονομολόγοι, γεωπόνοι, πολιτικοί μηχανικοί, ιστορικούς, αρχαιολόγους, σύμβουλοι  κλπ. Η σύνθεση του προσωπικού είναι η εξής: